Al igual que otras ciudades hispanas del entorno, Suestatium a partir del tercer cuarto del  siglo  siglo II d.C. se tiene que ir adaptando a una nueva realidad muchos menos favorable, consecuencia de una suma de factores (mayor inestabilidad en el Imperio, falta de mecenazgos,  inundaciones, etc.). Todo ello provoca que sus principales edificios e infraestructuras públicas desaparezcan y que muchas de sus casas se deshabiten. Este declive no significa que el lugar se abandone totalmente como en otros asentamientos peninsulares, sino que se  adecua a esta nueva coyuntura. Son unos siglos oscuros (s. IV-VI) de los que apenas tenemos información más allá de que se sigue habitando el lugar.

No será hasta los siglos VII y VIII cuando empezamos a tener más datos gracias a la documentación de distintas estructuras excavadas (silos para almacenar cereal, agujeros de postes de cabañas, etc.) en el entorno de la actual parroquia de la Natividad. Estos hallazgos indican un cambio en la configuración y organización del lugar. Su centro neurálgico  ya no será el antiguo foro  ni sus inmediaciones ahora usadas como cantera de piedra y  espacio funerario marginal, sino que pasa a localizarse en esa nueva área. Allí es donde se concentran los testimonios posiblemente debido a la presencia de un antiguo,  y por el momento poco conocido, edificio religioso asociado a una importante necrópolis. Son  los inicios de una  aldea que, con el paso de los años, se va consolidando y que aparece referenciada como Arcahia en el documento del año 1025 conocido como “La reja de san Millán”. 

Resulta llamativo que esta nueva etapa ya de cronología plenamente medieval el yacimiento vuelva a ocupar el mismo espacio que ya lo hacía en sus inicios cuando se empezó a habitar el lugar. Esta coincidencia en priorizar un mismo lugar de hábitat probablemente se debiese a las mejores condiciones del terreno por ser una zona menos inundable.